Comme dans beaucoup de villes, ce sont les municipalités, en lien avec les paroisses, qui ont d'abord fait appel aux Frères. Une présence de deux siècles de soubresauts.

En 1705, pour fuir les tracasseries parisiennes, Monsieur de La Salle, installe sa congrégation naissante à Saint-Yon, dans la banlieue de Rouen. De là, viendront les premiers Frères en Bourgogne – Franche-Comté.
Après la révolution, quand la détente s'amorce, la vie chrétienne reprend. L'archiprêtre de la cathédrale de Besançon fait appel à l'Institut pour doter sa paroisse d'une école gratuite pour les garçons. Trois Frères arrivent en 1806, et l'ouverture de l'école Saint Jean se fait le 15 du mois. Dès le début, et malgré l'inconfort des locaux, c'est le succès : 200 élèves.

Problème de méthodes

Comme les Frères sont reconnus par l'Etat et l'Université, ils sont aussi demandés par les municipalités, en lien avec les paroisses, pour tenir les écoles communales.
En 1820, le maire de Besançon demande deux Frères, qui seront rémunérés par la ville. Cette nouvelle école prend le nom de Saint Pierre. Les Frères utilisent la méthode simultanée : le maître s'adresse à un groupe d'élèves de même niveau. Or, à cette époque, il y a des adeptes d'une nouvelle méthode, dite mutuelle ou Lancaster. Un seul maître pour un grand nombre d'élèves, voire plusieurs centaines.

Le maître s'adresse à un petit groupe de moniteurs, qui vont ensuite redistribuer leur savoir à des sous-groupes.
Besançon et le Conseil Général encouragent la méthode, et lui votent des crédits importants. Les Frères fidèles à la "simultanée", voient leurs subventions supprimées…
Finalement, le conseil municipal, dans sa séance du 17 août 1837, les rétablit, reconnaissant "que la bonté de la méthode des Frères n'était plus un problème, et qu'elle était appréciée des chefs les plus expérimentés de l'Instruction Publique".

Savoir-faire reconnu

Le 18 janvier 1866, à la demande du Préfet et du Conseil Général, les Frères reprennent l'Ecole des sourds-muets. A cette époque, on compte sept écoles de Frères dans le Doubs, six dans le Jura, huit en Côte d'Or, sept en Haute-Saône, quatre en Haute Marne et une dans les Vosges, à Epinal.
Les Frères ne se contentent pas de "faire la classe". Ils prennent en charge des activités culturelles ou sociales : cours d'adultes,

études et devoirs surveillés, cours du soir pour les militaires, œuvre des apprentis le dimanche, tout cela avec l'aide des laïcs.
En 1904, nouvelle épreuve, avec l'interdiction d'enseigner pour les congréganistes. Les Frères s'expatrient, au Canada principalement. La plupart des autres écoles continueront avec
des prêtres, des maîtresses laïques et des Frères sécularisés. Les rabats blancs réapparaîtront en 1940.
Au cours des trois dernières guerres, la maison Saint Claude de Besançon fut par ailleurs réquisitionnée comme hôpital de campagne. Un rapport de l'abbé Lalloz témoigne que "les Frères ont été admirables de dévouement". La maison fut aussi un relais dans une filière de "passeurs", au cours de la guerre 39-45. Le Frère Maurice Lacomme, ancien Visiteur, en était l'agent responsable et discret.
Actuellement à Saint Claude, subsiste une communauté de 30 Frères en retraite, dans une maison qui a accueilli jusqu'en 2004 l'école Saint Bernard. Dernière école de la ville sous tutelle lasallienne.